Die Ostsee ist entstehungsgeschichtlich gesehen ein sehr junges Meer, das sich erst nach dem Abschmelzen riesiger Gletscher am Ende der letzten Eiszeit (Weichseleiszeit) vor etwa 12.000 Jahren bildete. Damals entstand durch das Zusammenspiel von Hebungen und Senkungen der Landmassen – bedingt durch das Abschmelzen und die Bildung der Gletscher – die Form und Struktur der heutigen Ostsee. Auch wechselnde Salzgehalte, von süß zu salzig und wieder zu süß, entstanden durch die dadurch bedingten Hebungen und Senkungen des Meerwasserspiegels. Heute ist die Ostsee ein Brackwassermeer, und zwar das größte der Erde! Brackwasser ist, vereinfacht gesagt, verdünntes Meerwasser.

Die verschiedenen Entwicklungsstadien der Ostsee haben Namen bekommen, die den zu der jeweiligen Epoche vorherrschenden Tierarten entsprechen:

In ihrem ersten (süßen) Stadium hieß die Ostsee "Baltischer Eisstausee". In dieser Zeit schmolz das Gletscherwasser und sammelte sich in einer großen Kuhle, die das Gewicht des Gletschers in die Erde gedrückt hatte.

Das zweite (salzige) Stadium heißt "Yoldia-Meer".  Es wurde nach der Muscheln Yoldia arctica benannt, die durch die neu entstandene Verbindung zur Nordsee eingewandert war.

Das dritte (wieder süße) Stadium wurde nach der Süßwasserschnecke Ancylus fluviatilis "Ancylus-See" genannt. Der Salzgehalt hatte wieder abgenommen, nachdem die Verbindung zur Nordsee aufgrund von Landhebungen unterbrochen wurde. Diese Landhebung wurde durch die Entstehung des skandinavischen Festlandes verursacht.

Das letzte Stadium der heutigen Ostsee wird als "Littorina-Meer" bezeichnet. Die auch heute noch weit verbreitete große Strandschnecke Littorina littorea ist für diese Namensgebung verantwortlich. Ein erneuter Meeresspiegelanstieg im Zusammenwirken mit Bewegungen der Erdoberfläche führte zur Überflutung der letzten Barrieren und verband die heutige Ostsee erneut mit der Nordsee.

Dieser Prozess des Hebens und Senkens geht noch immer weiter. Nachdem der schwere Eispanzer auf Skandinavien geschmolzen war, begann sich das Land, befreit von der Eislast, zu heben und dieses Anheben des Landes hält noch immer an. Da die Ostsee mit der Nordsee nur über den sehr flachen Bereich der dänischen Inseln verbunden ist, ist anzunehmen, dass sich die Verbindung zur Nordsee irgendwann wieder schließen wird. Dann wird unsere Ostsee sicher wieder zu einem Süßwassersee – zumindest vorübergehend.