Auch der geschützte Schweinswal könnte betroffen sein, denn Wale orientieren sich mit Hilfe einer eisenhaltigen Substanz im Schädel an diesen Feldern. Und nicht nur unter, auch über Wasser bilden die Windparks eine Gefahr und zwar für Vögel. Gerade in Überwinterungsgebieten von Seetauchern, die sich dauerhaft in den betroffenen Gebieten aufhalten, können durch die Geräusche der Rotoren gestört werden, und Zugvögel können durch die Lichter von der eigentlichen Flugroute abgelenkt werden. Zudem besteht die Gefahr des Vogelschlags durch die sich schnell drehenden Rotoren. Dies trifft auch auf mehrere Fledermausarten wie den Abendsegler zu, von denen mittlerweile erste gesicherte Daten zu einer regelmäßigen Ostseequerung, sowohl von den baltischen Staaten als auch von Schweden Richtung europäisches Festland vorliegen. Daten von Windkraftanlagen an Land lassen den Schluss zu, dass auch an den Offshore-Windkraftanlagen mit erheblichem Schlag von mehreren tausend Tieren zu rechnen ist.

Meistens ist durch Sedimenteinträge in regelmäßigen Abständen eine Ausbaggerung erforderlich, um die Befahrbarkeit der Häfen aufrecht zu erhalten. Durch diese Maßnahme werden jedoch im Sediment abgelagerte Schadstoffe und Nährstoffe erneut freigesetzt und schädigen die Lebensräume unter Wasser und ihre Bewohner. Und nicht nur unter Wasser, sondern auch direkt an der Küstenlinie werden Lebensräume zerstört, die nicht nur Heimstatt von zahlreichen Pflanzen und Tieren sind, sondern auch eingeschwemmte Nähr- und Giftstoffe herausfiltern können, bevor sie ins Meer gelangen. Insgesamt tragen Häfen also nicht nur zu einer Vernichtung von Lebensräumen, sondern auch zu einer Verschlechterung der Wasserqualität bei. Ein Hafenausbau muss also sorgfältig abgewogen werden.

Derzeit gibt es an der deutschen Ostseeküste keine Förderplattformen. Das war aber nicht immer so. Noch bis ins Jahr 2000 gab es die Plattform Schwedeneck-See in der Nähe von Kiel. Die Förderung wurde wegen schlechtem Kosten-Nutzen-Verhältnis eingestellt, doch aufgrund der stark gestiegenen Ölpreise wird eine Wiederaufnahme erwägt. Allerdings sieht die Ölfirma von der erneuten Errichtung einer Offshore-Plattform ab und würde nur von Land aus fördern. Gut für die Ostsee, denn selbst wenn eine Hochsicherheits-Plattform wie die Mittelplate A im schleswig-holsteinischen Wattenmeer errichtet würde, gäbe es noch genügend Risiken, denn Fehler sind menschlich und nicht alles ist vorhersehbar. Zudem stört der zur Versorgung und Wartung nötige Schiffsverkehr Meeresbewohner und Vögel, die zusätzlich noch von der nächtlichen Beleuchtung abgelenkt werden. Grundsätzlich ist eine weitere Ölförderung in Zeiten der Klimaerwärmung nicht mehr nachzuvollziehen und sollte dringend zugunsten von erneuerbaren Energien weichen.

Durch das Baggern werden außerdem im Sand eingelagerte Schadstoffe, Schwermetalle und Nährstoffe freigesetzt, die den Zustand der ohnehin bis an ihre Grenzen belasteten Ostsee weiter verschlechtern werden. Die freigesetzten Gifte werden zudem wieder von Fischen und anderen Lebewesen aufgenommen, die sie in ihrem Körper speichern und die wir letztendlich essen. Die durch Überfischung ohnehin gebeutelten Fischpopulationen werden weiter geschwächt, denn Fischlarven können durch die Schadstoffe und die feinen Sedimentpartikel sterben. Doch die Liste der negativen Auswirkungen geht noch weiter: Das beim Baggern aufgewirbelte Sediment kann, da es teilweise sehr fein und leicht ist, über viele Kilometer als Sedimentfahne verdriftet werden und Meereslebewesen schädigen (siehe Offshore-Windkraftanlagen).

Und selbst auf die Wasserzusammensetzung in der Ostsee könnte sich das Bauwerk auswirken und damit das Leben in der gesamten zentralen und östlichen Ostsee verändern. Die Ostsee ist ein stark geschichtetes Gewässer, in dem sich Oberflächen- und Tiefenwasser kaum mischen. Deshalb ist dieses Meer auf seltene Einströmereignisse aus der Nordsee angewiesen. Dabei strömt sehr salziges, schweres, aber auch sauerstoffreiches Nordseewasser an der dänischen Halbinsel vorbei über Skagerrak und Kattegat in die Ostsee. Weil das Wasser schwerer als das süßere Ostseewasser ist, sinkt es auf den Boden ab und fließt dort weiter. Es stellt in vielen Gebieten am Meeresboden die einzige Sauerstoffquelle für die dortigen Lebewesen dar. Wird dieser Einstrom permanent behindert, könnten sich die lebensfeindlichen, sauerstofflosen, nach Schwefel stinkenden Wasserkörper weiter ausdehnen. Sie existieren schon jetzt in weit größerem Ausmaß und über längere Monate hinweg als noch vor einem Jahrzehnt. Doch genau das könnte durch den geplanten Tunnel passieren. Denn er quert die Ostsee an einer relativ flachen Meerenge, so dass der Tunnel ein Hindernis für das einströmende Wasser darstellt. Und all diese Auswirkungen werden in einer Gegend vor sich gehen, die für unseren kleinsten und einzigen heimischen Zahnwal, den Schweinswal, der in der Ostsee stark bedroht ist, als wichtige Jagd- und Transitstrecke dient. Zu seinem Schutz wurde eigens ein Natura-2000 Schutzgebiet in der Ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) im Fehmarnbelt errichtet, dessen vorrangiges Ziel der Schutz des kleinen Tümmlers sein sollte. Der geplante Tunnel verläuft mitten durch das Naturschutzgebiet und bricht somit die Vorschrift, die seltene Art vor jedem Schaden zu bewahren. Hier wurden ohne lange Diskussion internationale Interessen über das Schutzgebot erhoben. Die Baugesellschaft Femern A/S plant, sich durch eine Ausgleichszahlung aus der Affäre zu ziehen und wird dies allem Anschein nach auch genehmigt bekommen.